其實分子蒸餾一般是一種在高真空下進行操作的一種蒸餾的方法，而且這時蒸氣的分子的平均和自由程是大于蒸發的表面與一些冷凝表面之間的一部分距離的，并且從而可利用料液中的各個組分蒸發速率的這樣的差異，其實對液體和混合物進行了分離。一般短程蒸餾器是由外加熱的垂直的圓筒體、而且是位于它的中心的冷凝器以及在蒸餾器和一些冷凝器之間旋轉的刮膜器進行組成。
一般的蒸餾過程是，一些物料從蒸發器的頂部和加入，并且經轉子上的料液的分布器從而將其連續的均勻地來分布在加熱的面上，而且隨即刮膜器都能將料液刮成一層極薄的、呈湍流狀的這樣的液膜，并且會以螺旋狀來向下推進。而且在此過程中，一般從加熱面上逸出的一些輕分子，在經過短的路線和一些幾乎未經碰撞就到內置的冷凝器上冷凝成了液，且并是沿冷凝器管分流下，而且通過位于蒸發器底部的一些出料管排出；并且殘液即重分子在加熱區下的圓形的通道中收集，而且再通過側面的出料管中流出。殘余氣體的分壓必須很低，使殘余氣體的平均自由程長度是蒸餾器和冷凝器表面之間距離的倍數。在飽和壓力下，蒸汽分子的平均自由程長度必須與蒸發器和冷凝器表面之間距離具有相同的數量級。在這此理想的條件下，蒸發在沒有任何障礙的情況下從殘余氣體分子中發生。所有蒸汽分子在沒有遇到其它分子和返回到液體過程中到達冷凝器表面。蒸發速度在所處的溫度下達到可能的最大值。蒸發速度與壓力成正比，因而，分子蒸餾的餾出液量相對比較小。